Читать онлайн «Прикладные задачи исследования операций»

тт®шшт& Ж. Сетубал, Ж. Мейданис UrJ" "AMD-» г fjjo -£V iH&rriumyii шКоуп&ютерны R&C Щ\0У1пеютерньи <_ СЕРИЯ «БИОИНФОРМАТИКА И МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ» Вышли в свет: Дурбин Р. , Эдди Ш. . Крог А. , Митчисон Г. Анализ биологических последовательностей Игнасимуту С. Основы биоинформагики Эвери Дне. Теория информации и эволюция Готовится к публикации: Бородовский М. , Екишева С. Анализ биологических последовательностей. Задачи и решения СГРИЯ «БИОИНФОРМАТИКА И МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ» Главные редакторы: Садовничий В. А. (МГУ им. М. В. Ломоносова) Скулачев В. П. (факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова) Редакционная коллегия: Богданов А. А. (Инсл итут физико-химической биолог ии им. А. Н. Белозерского МГУ) Гельфанд М. С. (Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАИ) Есипова Н. Г. (Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгсльгардта РАН) Кирпичников М. 11. (биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова) Колчанов Н. А. (Институт цитологии и генетики СО РАН) Миронов А. А. (факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М. В. Ломоносова) Ризниченко Г. Ю. (биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова) Ройтбср! М. А. (Институт математических проблем биологии РАН) Рубин А. Б. (биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова) Финкельштейн А. В. (Институт белка ПИЦ РАН) Шайтан К. В. (биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова) Жуан Сетубал и Жуан Мейданис ВВЕДЕНИЕ В ВЫЧИСЛИТЕЛЬНУЮ МОЛЕКУЛЯРНУЮ БИОЛОГИЮ Перевод с англ. А. А. Чумичкина Под ред. д. б. н. , проф. А. А. Миронова Москва ♦ Ижевск 2007 INTRODUCTION TO COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY JOAO SETUBAL and IOAO MEIDANIS University of Campinas, Brazil PWS PUBLISHING COMPANY I(T)P An International Thomson Publishing Company BOSTON • ALBANY • BONN • CINONNATI • DETROIT • LONDON MELBOURNE • MEXICO CITY • NEW YORK • PACIFIC GROVE • PARIS SAN FRANCISCO • SINGAPORE • TOKYO • TORONTO УДК 577:004. 383 ББК 28. 070с51 С334 физика математика биоло!ия нефтегазовые гехноло!и и Се1>бал Ж. , Мейлаиис Ж. Введение в вычислительную молекулярную биологию. — Москва Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», Институт компьютерных исследований, 2007. — 420 с. Настоящая книга представляет собой введение в вычислительную молекулярную биологию, описывает наиболее типичные ее задачи и прсдлагасг эффективные алгоритмы их решения. Книга начинается с обзора фундаментальных понятй молекулярной биологии (в том числе структура и функции белков и нуклеиновых кислот, механизмы молекулярной генетики), далее вводятся важнейшие математические объекты, такие как графы и строки, и приводятся общие спедення об алго- ри)мах. Все это подготавливает почву для понимания дальнейших разделов киши: сравнение последовательностей (и поиск в базе данных), сборка фра1мепюв ДНК, составление физических карт ДНК, филогенетические деревья, перестройка генов, предсказание структуры макромолекулы и вычисления с помощью ДНК. Каждый из эшх разделов содержит обсуждение биологических предпосылок, определения ключевых терминов, полное описание применяемых математических или компьютерных моделей, а также примеры реализации алгоритмов.